Los últimos años
Terminada la contienda, Francisco Alonso cultivará la opereta y la comedia musical con títulos como Doña Mariquita de mi corazón (1942), Luna de miel en El Cairo (1943), Aquella noche azul y Tres días para quererte, (ambas de 1945), que son nuevos éxitos en la carrera del compositor granadino.
No olvida el maestro la zarzuela y en el Madrid de la posguerra da a conocer Manuelita Rosas, y La zapaterita.
En 1947 Francisco Alonso es elegido Presidente de la SGAE, después de haber servido a la organización en otros cargos.
Pero la enfermedad acecha. Sufre un desprendimiento de retina y la consiguiente intervención quirúrgica le obliga a guardar reposo. Pero el Maestro Alonso es un espíritu inquieto y en plena convalecencia da a conocer 24 horas mintiendo una comedia lírica escrita por Francisco Ramos de Castro.
El 18 de mayo de 1948, el compositor Francisco Alonso, muere en su domicilio madrileño de la calle de Sagasta. El entierro, presidido por el Ministro de Educación y el Alcalde, es multitudinario y recorre el centro de un Madrid que llora a uno de los compositores que mejor supo retratar a sus gentes.